Im Jahr 1711 erreichte eine Pestepidemie Kopenhagen, in deren Folge 23.000 Einwohner ihr Leben verloren. Um den vielen Leichen Herr zu werden, legte die Stadtverwaltung in den Außenbezirken sechs neue Friedhöfe an. Allerdings reichten auch diese nicht aus. Auf dem Begräbnisplatz der Holmens Kirche wurden bis zu fünf Särge übereinander gestapelt und nur von wenig Erde bedeckt. Soldaten feuerten Gewehrsalven ab, um mittels Schießpulver den Verwesungsgeruch zu übertünchen. Die Realisierung eines Totenackers außerhalb der Stadtmauern erfolgte dennoch erst ein knappes halbes Jahrhundert später. Dieser sollte vor allen Dingen der Ausbreitung von Seuchen vorbeugen. Ursprünglich zählte der Assistenzfriedhof als Begräbnisstätte der Armen. Nachdem der astronomische Schriftsteller und erste Sekretär im Kriegsamt Johan Samuel Augustin 1785 auf eigenen Wunsch an jener Stelle das letzte Geleit erhielt, bestatteten zunehmend führende Persönlichkeiten und wohlhabende Bürger der dänischen Hauptstadt ihre dahingeschiedenen Verwandten auf diesem Friedhof.
Eine schaurige Geschichte berichtet von Dieben, die 1798 das Grab der jungen Giertrud Birgitte Bodenhoff plünderten. Als die Räuber einen Tag nach der Beerdigung das Grab öffneten, weckten sie die scheintote Frau. Doch statt ihr zu helfen, erwürgten sie die 19-jährige und raubten ihren Schmuck. Wer mag sich im ersten Moment wohl mehr erschrocken haben? Indes stellt sich die Frage: Mythos oder Wahrheit? 1950 ließ der Nachfahre Viggo Starcke das Grab öffnen. Er fand das Skelett der Verstorbenen in einer verdrehten Position vor. Weiterhin erkannte er, dass der mit seiner Ahnin beigesetzte Schmuck verschwunden war. So sah sich Viggo Starcke bestätigt: Man hatte Giertrud Birgitte Bodenhoff lebendig zur letzten Ruhe gebettet und im eigenen Grab ermordet.
Im Laufe der Jahre gewann der Friedhof nicht nur aus stadtgeschichtlicher und kultureller Sicht an Bedeutung, sondern wurde ferner zu einem beliebten Ausflugsziel und Picknickplatz.